酒类与食品工程系始创于学院建校初期，有着深厚的文化底蕴，是我院历史最久，师资力量最强的系部之一。有教育部高职高专专业教学指导委员会主任、副主任、委员5人，食品生物技术、工业分析与检验教学团队是四川省优秀教学团队。全国轻工分析专业指导委员会委员1人，四川“中国白酒金三角”专家委员会成员2人，还聘请相关行业、企业的知名专家30余人组成专业指导委员会和兼职教师队伍。酒类与食品工程系根据行业发展需要和社会需求，现开设有食品生物技术、食品营养与检测、工业分析技术和精细化工技术]、酿酒技术5个专业。

    该系拥有行业领先的实验实训设备及教育部、财政部支持的食品生物技术专业实训基地，与省内外60多家知名企业建立了良好的合作关系，建立了固定的校外实习基地和学生就业基地。近年来，该系积极创新办学机制，与邛崃经信局、工业园区、酒业协会及各大食品饮料、生物医药等企业联合共建“邛酒学院”，与行业合作共建“酒类研究所”、“食品检测中心”。